Francine van der Heijden werkte samen met dirigenten als Ton Koopman, Frans Brüggen, John Nelson en Christian Zacharias. Zij heeft tal van opnamen en televisieregistraties op haar naam staan. Onder leiding van Jed Wentz werkte zij mee aan een serie opnames van Mozartopera’s, waaronder Il Re Pastore (Elisa), Mitridate (Aspasia), Il Sogno di Scipione (Licenza) en La Clemenza di Tito (Servilia). Samen met Miranda van Kralingen en Christiane Oelze nam zij alle Mozart concertaria’s op, begeleid door het European Symfonietta onder leiding van Ed Spanjaard. Naar aanleiding van deze opname schreef een recensent: “Wie zou niet met gloeiende wangen op haar kleedkamerdeur willen kloppen, Francine, zing voor mij!”

Op het podium vertolkte Francine van der Heijden rollen in opera’s van Mozart en Bouffes Parisiennes van Offenbach. Zij werkte mee aan vele premières, zoals Louis Andriessen’s “Tao”, de orkestliederencyclus “Gong” van Micha Hamel en Salvatore Sciarrino’s Aspern-Suite. Mendelssohn’s herontdekte concertaria “Infelice…ah ritorna eta dell’oro” (1834) werd door Francine voor het eerst uitgevoerd en opgenomen tijdens de internationale Mendelssohnconferentie van professor John Michael Cooper in de Verenigde Staten.

Een cd met liederen van Felix Mendelssohn en zijn zusje Fanny werd internationaal lovend ontvangen en leidde tot veel concerten met Ursula Dütschler die haar op fortepiano ter zijde stond in dit repertoire.

Francine van der Heijden trad o.a. op bij het 150-jarig jubileum van het Bijbels Museum en ter gelegenheid van het 50-jarig bestaan van de vereniging Vrienden van het Lied. Als La Musica (Monteverdi) daalde zij de trappen van het Concertgebouw af bij het 50-jarig jubileum van het Nederlands Kamerorkest. In 2002 zong zij de sopraansolo bij de begrafenis van Z.K.H. Prins Claus in de Grote Kerk in Delft.

Op 4 mei 2015 zong Francine bij 70 jaar Dodenherdenking op het Trajanusplein in Nijmegen

In 2015 verschijnt haar cd met oud en nieuw repertoire voor sopraan en gitaar.